Ползването на трансплантанти от стволови клетки от кръвта на пъпната връв има доста предимства по отношение на съответните стволови клетки, които произлизат от костния мозък на възрастния, поради следните причини:
•    Вземането на стволови клетки след края на раждането е безболезнено, докато вземането на стволови клетки от костния мозък е болезнена процедура, която изисква в повечето случаи пълна анестезия и продължава по-голям интервал от време.
•    Стволовите клетки от кръвта на пъпната връв имат по-голяма вероятност да се използват от семейството, тъй като са по-млади и имат по-добра тъканна съвместимост. Стволовите клетки на костния мозък пък са по-стари и се изисква по-голяма тъканна съвместимост между донора и реципиента.
•    Преживяването на болните от трансплантацията на стволови клетки от кръвта на пъпната връв е двойно по-голяма от тази на стволовите клетки, взети от костния мозък, дори и в случаите, в които тъканната съвместимост на стволовите клетки получени от костния мозък е по-добра.
•    Ползването на стволови клетки от кръвта на пъпната връв от самото дете е свързано с по-малко разходи по отношение на търсенето на съвместим донор.
•    Последствията на синдрома на трансплантанта срещу гостоприемника е много малко, когато се използват стволови клетки от кръвта на пъпната връв. Противно на това последствията са по-големи, когато се ползват стволови клетки на възрастен. Този синдром в някои случаи е смъртоносен за гостоприемника и се появява веднага след трансплантацията.
•    Когато болният се разболее от рак или левкемия, тогава ние не можем да вземем и да ползваме стволови клетки от костния мозък, тъй като вече там се намират метастазни клетки.
•    Кръвта на пъпната връв съдържа по-голям брой и по-млади стволови клетки с интензивна способност за размножаване - нещо, което не се случва на по-възрастните стволови клетки, взети от костния мозък.