Стотици автоложни трансплантации (от клетки на самия болен) се реализират всяка година за болести като: лимфома, миелома и компактни тумори. Изследванията са показали, че вероятността за проява на левкемия при хора с предразположение е 1% и един трансплантант с вродено предразположение 99% няма да предизвика проявата на болестта. Освен това след като 1% от хората с предразположение проявяват левкемия, съществува опасност човек да получи и чужд трансплантант от публична банка с такъв вид предразположение. Автоложната трансплантация на стволови клетки ясно доминира над алогенните трансплантации (стволови клетки от чужд донор), тъй като от една страна трансплантантът е абсолютно съвместим и не се отхвърля и от друга страна, също така е и пряко достъпен и не съществува вероятност за инфекция с вируси. През месец април 2001 година дете на възраст десет месеца в Канада, което е страдало от ретинобластоза (злокачествен тумор на ретината) с метастази в гръбначния мозък е подложено с успех на трансплантация на автоложни стволови клетки от кръвта на пъпната връв. Също така през 2007 година е публикуван още един успешен случай на автоложка трансплантация на стволови клетки на дете на възраст 3 години, което е страдало от остра левкемия. Родителите и в двата случая са съхранявали стволови клетки в частна банка, а резултатът е оздравяване.

Стволовите клетки се „разболяват” и са неподходящи за лечение в случай на предварително известни наследствени болести на кръвта на родителите на детето (например средиземноморска анемия, сърповидноклетъчна анемия). В тези случаи се използват стволови клетки от здрав брат или сестра. В етап на клинични изследвания се намира и генната терапия на самите стволови клетки на детето, които в последствие да му бъдат предоставени. Здрав брат или сестра в случаите на наследствени болести се ражда с генетично направляване на семейството така, че новото дете да е освободено от проявата на болестта, за да може с помощта на стволовите клетки да се подпомогне лечението на братчето.